Biyoinformatiğe Başka Bir Başlangıç - 1

Biyoinformatik öğrenmeye başladığım blogda yazmak artık işin iyice ciddileştiğini kabul etmemi sağladı :) Bu yüzden her şeyden önce, desteğini hiçbir zaman esirgemeyen Hocam Ahmet Raşit Öztürk’e teşekkür ederim.

Hedeflenmiş Yeni Nesil Sekanslama Yöntemleri

Yeni nesil sekanslama sistemleri araştırmacılara genomik, transkriptomik ve epigenomik alanlarında neredeyse aklına gelen bütün soruları sorabilecek yöntemler sunar. Yapılacak olan araştırmaya göre kütüphane hazırlama aşaması da oldukça değişmektedir. Genomik çalışmalarının en sık kullanılan yöntemlerinden biri de hedeflenmiş sekanslama (targeted sequencing)' dir. Bu yazımda ben de size bu yöntemden bahsedeceğim.

Yeni Nesil Sekanslama Nedir? - 3 (Veri Analizinde İzlenen Adımlar)

Deney tasarımınızı yaptınız, örneklerinizden kütüphane hazırladınız ve cihaza yüklediniz. Şimdi sırada veriyi elde etme ve analiz var. Hazır kitlerle de çalışsanız, kendi protokolünüzü de geliştirseniz ortaya çıkan ham verinin [raw data] işlenerek analize hazır hale gelmesinde mutlaka izlenmesi gereken bazı adımlar var.

Yeni Nesil Sekanslama Nedir? - 2 (Teknolojinin Arka Planı ve Kütüphane Hazırlama)

Yeni Nesil Sekanslama (YNS) teknolojisi diye adlandırdığımız şey aslında kendi içerisinde birçok farklı teknolojik yaklaşımı içeriyor, bunların neler olduklarından daha önce bahsetmiştim. Bu yazıda temel olarak YNS'nin çalışma prensiplerinden ve kütüphane hazırlama yöntemlerinden bahsedeceğim.

Sekanslama öncesi ilk yapmamız gereken şey organizmaların DNA'sını izole etmek. Maalesef henüz bu aşamayı ortadan kaldıran bir teknoloji yok. Ancak YNS için yapmamız gereken hazırlık bununla bitmiyor: genelde bu teknolojinin anlaşılması ve uygulaması en güç kısmı da burası. İzole edilen DNA'nın YNS cihazında kullanılabilmesi için geçmesi gereken bir dizi işleme kütüphane hazırlama [library preparation] deniyor.