4 Temmuz 2014 Cuma

Biyoinformatiğin Önemine İlişkin İbretlik Bir Gelişme

Bu blogu takip edenler bir süredir yaz ekibimle birlikte yürüttüğüm çalışmalara yoğunlaştığımı farketmişlerdir. İstisnasız her gün gece 12'den önce çalışmayı bırakamadığımız bir çalışma temposu içerisinde hızlı bir şekilde ilerlemeye devam ediyoruz, bu durum da bu blogu aksatmama neden oluyor.

Ancak bugün sizlerle geçen hafta sonu keşfettiğim bir durumu paylaşmak istiyorum; bu durum, biyoinformatiğin ne denli önemli ve tamamlayıcı bir alan olduğunun da büyük bir göstergesi bence. Hikaye şöyle: hafta sonu iki öğrencimle (Bihter ve Elif) birlikte 2007 tarihli bir mikrodizi çalışması üzerine yoğunlaştık. Meme kanserinin iki alt tipi üzerine gerçekleştirilen bu çalışmada Affymetrix'in insan transkriptom çalışmaları için geliştirdiği en kapsamlı çipi kullanılmış ve çalışmaya 30 örnek dahil edilmiş. GEO'da GSE5764 olarak kayıtlı bu çalışmanın verileriyle makalenin yayınlandığı tarihten bu yana birçok kez çeşitli şekillerde oynamış ve bu veri üzerinde bireysel projeler gerçekleştirmiştim. O zamanlar sürekli karşıma çıkan bir analiz sonucu, geçen haftasonu da karşımıza çıktı.