Biyoinformatiğe Nasıl Başladım 9

Biyoinformatiğe nasıl başladığıma ilişkin hikayemin sonlarına yaklaşırken, geçenlerde bulduğum bir bilgisayar çıktısı bana bu alandaki ilk zamanlarımı hatırlattı. Tarihi kaydetmemişim maalesef, tarih kayıtlarıma tahminimce bu dökümanı oluşturduktan bir yıl kadar sonra başlamıştım. Hatırladığım kadarıyla 2002 yılında hazırlamıştım yazıyı. Hikaye hatırladığım kadarıyla şöyleydi:

O zamanlar yeni almaya başladığım moleküler biyoloji ve genetik dersleri ile, o sıralar okuduğum bilgisayar üzerine bir kitapta ortak yönler keşfetmeye başlamıştım. Özellikle, işletim sistemlerinin hızlı çalışması için eski zamanlarda sabit disk üzerine nasıl konumlandırıldığına ilişkin detaylarla, genlerin kromozomlar üzerindeki organizasyonuna ilişkin detaylar arasında kurduğum benzerlik beni hayli heyecanlandırmıştı ve bu yüksek motivasyonla bir hocamızla bu konuyu konuşmaya gitmiştim. 

O gün çok büyük bir hayal kırıklığına uğramıştım al(ama)dığım cevapla. Bunda kendimi ifade etmemdeki yetersizliğin payı vardı mutlaka, biraz da sanırım her hocanın her şeyi bilmesi gerektiği şeklinde bir yanılgı da beni hayal kırıklığına uğrattı. Sonra bir kez daha gittim, biraz daha farklı bir şekilde açıklamaya çalıştım, ancak zihnimde somut ve destekli bir şekilde kurduğum bağlantıyı yine iyi ifade edemediğimden olsa gerek, yine cevap alamadım. Bunun üzerine zihnimden geçenleri yazıya dökmemin ve bu şekilde ifade etmenin daha iyi olacağı kanısına vardım ve bu yazının son kısmında göreceğiniz iki sayfalık metni oluşturdum. Bu yazı, hayatımda biyoinformatik üzerine yazdığım veya ortaya koyduğum ilk metin, daha biyoinformatiğin ne olduğunu dahi bilmiyordum. Bu metin benim hayatım açısından enteresan bir dönüm noktası oldu, şimdi geriye dönüp bakınca farkediyorum.

Bu yazıyı götürüp verdim, birkaç gün sonra yine gittim fakat okunmamıştı. Ertesi hafta gittim, yine bir cevap alamadım. 2 veya 3 hafta sonra tekrar gittiğimde, yazıyı masanın üzerindeki kitap ve kağıt yığınının altından çıkarıp göstermişti hocamız, ve atmadığını, mutlaka okuyup cevaplayacağını söylemişti. Bir daha o yazıdaki sorularım hakkında bir cevap almadım, bir daha da zaten sormadım. O günden sonra okula olan ilgim azalmaya başladı, daha çok kendi merak ettiğim konulara yönelmeye başladım. Bunun sonucunda biyoinformatik alanında kendimi geliştirmeye yöneldim ve o açıdan bakınca bunun çok da iyi bir sonuç olduğunu söyleyebilirim, yaptığım işi çok seviyorum. Ancak diğer yandan baktığımızda, okula olan ilgim azaldığından ortalamam düşmeye başladı ve normalde alabileceğim bir bursu kaçırdım, pek de azımsanacak bir rakam değildi. Her neyse, bu metni de biyoinformatiğe başlamamın ilk yazılı dökümanı olması nedeniyle paylaşmak istedim. Bazı basit veya yanlış bilgiler/yaklaşımlar varsa da affınıza sığınıyorum, söylediğim gibi, daha biyoinformatiğin ne olduğunu dahi bilmiyordum o zamanlar: 

Sözün Özü:

Birkaç hafta önce okuduğum bir yazıda, insanın yirmili yaşlarda meşgul olduğu şeylerin, hayatını diğer zamanlarına göre daha fazla etkilediğinden bahsediyordu. Henüz 19 yaşındayken hazırlamış olduğum bu metinle biyoinformatiğin ne olduğunu dahi bilmeden bu alana giriş yapmışım.

Proje:

Yazdığım metinde geçen sorunun literatürde nasıl yer aldığını araştırabilirsiniz. 

Meraklısına:

Metinde sorduğum sorunun kıymetli bir soru olduğunu ve bu alanda çalışan birçok bilim insanının olduğunu 2005 yılında Sabancı Üniversitesi'nde yaptığım stajda detaylı bir şekilde öğrenme fırsatı bulmuştum. Doğal dil işleme [natural language processing] ilginç bir alan ve birçok farklı metne (genom da dahil!) uygulanabiliyor.