4 Nisan 2013 Perşembe

Zeitgeist ve Biyoinformatik - 2

Dünya değişiyor. Fakat bunu farkedebilecek kadar uzun yaşamıyoruz.

Bir de ufak bir detay var; duyu organlarımız bu değişimi algılamaya uygun değil. Değişimi algılayabilmek için kullanabileceğimiz neredeyse tek vasıtamız, aklımız (veya muhakememiz). Mesela, yandaki şekle bakın; eminim buna benzer şeyleri çok daha önce de gördünüz. A ve B karelerinin rengi tamamen aynı; ama böyle bir şeyi bile çoğu zaman ayırt edemiyoruz. Sebep açık: duyularımız sürekli bir referansa ihtiyaç duyuyor ve bağlama [context] göre sinyal üretiyor. Yani, bağlamı doğru bir şekilde değiştirebilirseniz, o bağlamda algılanan şey gerçekten değişse bile sanki değişmiyor gibi görünebilir (veya duyulabilir, veya hissedilebilir). Ya da, gerçek aynı kalsa dahi bağlamı sistematik bir şekilde değiştirirseniz, sanki gerçek değişiyormuş algısını oluşturabilirsiniz. Bu nedenle dünyadaki değişimleri de kolay kolay anlayamıyoruz ve açıkçası bu değişimlere kolaylıkla uyum da sağlayamıyoruz.

Nerede o eski bayramlar sözü, tam da yukarıda bahsettiğim nedenden ötürü her dönemde yaygın bir şekilde kullanılıyor. Peki değişimi nasıl algılarız ve yönetiriz; veya diğer bir deyişle, geleceği nasıl tahmin ederiz? Bunun için önerilen bazı gelecek senaryoları var ancak şimdiye kadar gerçekçi bir tanıma denk gelmedim; özellikle singularity [tekillik] kavramı etrafında şekillenen senaryolar en hafif tanımıyla bilim kurgu gibi geliyor bana. ODTÜ'de aldığım Fütürizm dersinde de bana en ters gelen şey bu kavramdı. İnsanın zihni rahatsız edici düşüncelerle gıdıklanmaya başladığında algısı açılıyor; bu süreçte geleceği öngörmeye (veya uzgörmeye) ilişkin yöntemleri araştırırken, karşıma çok güzel bir makale çıktı.

Harvard Business Review (HBR) Türkiye dergisinin Kasım sayısında, geleceğin nasıl doğru bir şekilde öngörülebileceğine ilişkin bir yöntemden bahsediliyor. Deniyor ki; insan henüz gerçekleşmemiş şeyleri tahmin etmeye çalışırken duygularının ve deneyimlerinin etkisinde kalıyor büyük ölçüde, ve bu da geleceğe ilişkin vizyonumuzu bulandırıyor. Siyah kuğu kavramı bunun çok güzel bir göstergesi (Siyah kuğu kavramına ilişkin Türkçe bir kaynak bulabilir miyim diye Google'da dolaşırken maalesef elle tutulur bir şeye rastlayamadım; insanlar hep Siyah Kuğu filmini aratmışlar, ve bu filmdeki sevişme sahnesini. Hey gidi güzel ülkem..). Makalede şöyle bir şey öneriliyor; geleceğe ilişkin bir önerinin gerçekçiliğini ölçmek için, o günden günümüze doğru gelin, ve o günü ortaya çıkarabilecek şartları hayal etmeye çalışın. Eğer mantıklı bir silsile [cascade] bulabiliyorsanız, o zaman bu gelecek olasıdır.

Bir örnek üzerinden gidelim; 2030 yılına kadar herkesin genetik haritasının çıkarılacağını ve bireyler bir sağlık merkezine başvurduğunda bu bilgilerin kullanılacağını öngören bir senaryonun gerçekçiliğini sınayalım. Bunu sağlayabilecek şartların bu süre içerisinde gerçekleşmesi mümkün mü? Hangi büyük değişimlerin meydana gelmesi lazım? Bunu bir zihin egzersizi olarak size bırakıyorum :)

Gelelim zamanı okumaya. Kendi gözlüğümden gördüğüm kadarıyla (biraz miyop ve astigmat vardır bende, söylemedi demeyin) veri analizi paradigmaları büyük veriyle birlikte bir dönüşüme uğrayacak. Bunun da, Google tarzı büyük kuruluşların sistematik biyoinformatik analiz işine girmesi anlamına geldiğini düşünüyorum. Bilenler bilir, IBM'in attığı birkaç adım var. Bu durum aynı zamanda, her şeyden anlayan uzmanların [generalist] gerekliliğini işaret ediyor; bugüne kadar bize öğretilen şeylere ne kadar da zıt değil mi?

Kişiselleşmiş tıbbın gerçekleşebilmesi için bu süreçte büyük miktarda verinin üretileceğini öngörüyorum, ancak merkezi bir şekilde. Bunun en büyük örneği, 23andMe. GEO veya ArrayExpress gibi halka açık veritabanlarında milyonlarca dolar değerinde ve çok büyük miktarlarda genetik veri mevcut; ancak bunlardan kayda değer ve gerçek hayat verisi bir türlü üretilemedi (bilimsel makaleler de buna dahil). 23andMe ise, organize bir çalışmayla çok çok çok daha az veriyle bazı karmaşık hastalıklar için aday genler veya gen bölgeleri bulmaya başladı bile. Yani, biyoinformatik analiz süreçlerinin deneysel süreçleri de yönlendirmek başta olmak üzere merkezi bir hal alması lazım. Türkiye, orta ölçekli bir dünya ülkesi olarak böyle bir çalışma için gayet uygun, yani teoride. Gerçi bundan 15-20 sene sonra, yurtıdışından satın alacağımız büyük yazılımlarla ve getirteceğimiz uzmanlarla bu eğilime ayak uydurmaya çalışacağımızı tahmin ediyorum. Böylece kendi ülkesi dışındaki Ar-Ge çalışmalarını ve istihdamı en fazla fonlayan (çünkü yurt dışından tedarik ettiğimiz ürünlere ilişkin ödediğimiz ücret, o ürünün geliştirilmesi için gerekli Ar-Ge maliyetini ve istihdamı da içeriyor) dünya ülkesi olarak bir ülke indeksinde en üst sırada olabiliriz, bunu başarabileceğimize yürekten inanıyorum.

Bir diğer potansiyel gelişmenin yapısal veri kaynaklarının genişlemesiyle oluşacağını düşünüyorum. Yani, bir bilgisayarın anlayabileceği türde yazılmış ve edebi tadlardan yoksun metinler. Dil ve/veya metin işleme (NLP) alanındaki gelişmeleri göz önüne aldığımızda, bir insan gibi anlayabilen yazılım ve donanım sistemlerinden gayet uzak olduğumuzu düşünüyorum. Bu nedenle üretilen bilginin mevcut bilişim seviyesine uygun hale getirilmesi gerekiyor, ve bunu bilimsel makalelere uygulama çabaları maalesef gerçek hayatta yerini bulamadı. Bu nedenle, yine merkezi oluşumların çatısı altında genetik verinin bu doğrultuda tekrar organize edileceğini öngörüyorum. 

Son olarak, biyoinformatik alanında faaliyet gösterecek kalifiye insan gücünün küçük oranda akademik çatı altında ve büyük oranda da gönüllü oluşumlar ve açık kaynaklı ders oluşumları çatısı altında yetişeceğini düşünüyorum. Generalist kavramını tekrar tekrar okumak lazım. Ve bu yazılı bir metin değil.


Sözün özü:
Dünya her zamanki gibi değişiyor, ve gönüllü kuruluşlarla çok sıkı bağlantıları olan merkezi organizasyonlar biyoinformatiği dönüştürmeye başladı bile.



Proje:
Bugünü meydana getiren dinamikleri okuyun, sonra bir yıl sonrasını okumaya çalışın, sonra beş, sonra on, sonra yirmi. Süre uzadıkça mı görüşünüz netleşiyor, kısaldıkça mı? Ne tür şeyleri yakın zamanda daha iyi görebiliyorsunuz, ne tür şeyleri uzak zamanda? Şu andaki fikir dünyanızla bunun üzerine yarım sayfalık gerçekçi bir yazı yazabilir misiniz? Kafanızı kaldırıp geleceğe doğru baktığınızda, ne görüyorsunuz?

Meraklısına:
Bugünü ve yarını uzun kuyruk olgusu ışığında okuyun, görüşünüz gayet netleşecek. Kitabı Türkçe'ye de çevirdiler. Okumak deyince aklımıza sadece yazılı metinler geliyor, değil mi?