Önceki yazımda Cytoscape ile tanışma maceramdan bahsetmiş ve bir örnekle giriş yapmıştım, daha doğrusu bu örnekle yazıyı tamamlamıştım :) Önceki yazıdaki örneği ve yaklaşımı anlamak çok kıymetli; zira, bu yazıda vereceğim diğer gerçek hayat verisi aynı yaklaşımın biraz daha iyileştirilmiş versiyonu. Bu sefer, bir mikrodizi [microarray] verisini ağ analizlerine tabi tutuyorum. Bu örneğe geçmeden değinmek istediğim başka bir konu var.
Yazılarımı takip edenler bir uyum olayına zaman zaman vurgu yaptığımı farketmişlerdir. Farklı teknoloji veya yaklaşımları biraraya getirip tek bir uygulamaymış hissi verebilmek maharet istiyor ve bence bu kesinlikle odaklanılması gereken konulardan biri. Buna nasıl bir örnek verebilirim diye düşünürken, birkaç gündür dilimde olan bir şarkı imdadıma yetişti :) Murat Dalkılıç'tan Lüzumsuz Savaş; Zeynep Bastık kendisine eşlik ediyor şarkıda.
Dört ayrı video bulabildim Youtube'da beraber söyledikleri: ilki şarkının klibi, ikincisi bir müzik kanalında geçiyor ve izlenme sayısı 2 milyon civarında. Üçüncüsü ve dördüncüsü ise iki ayrı programda yer alıyor. İki farklı ses ve farklı enstrüman kombinasyonlarının birbiriyle ne kadar uyumlu ve uyumsuz olabileceğini bu dört videoda rahatça görebiliyorsunuz; eninde sonunda aynı şarkıyı söylüyorlar ancak bazı kısımlar kulak zevkinize hitap ederken bazılarında ise dinlemek adına dinliyorsunuz. Biyoinformatik projelerinde de aynı durum geçerli; ortaya koyduğunuz yazılım ve/veya raporların muhataplarında bıraktığı tad da aynı şekilde değişebiliyor. Bunun biyoinformatik dünyasından bir örneği Webgestalt, Babelomics ve DAVID ile gözlemlenebilir. Bu 3 web aracıyla yapabileceğiniz şeyler aşağı yukarı aynı ancak Babelomics'in kullanıcı odaklı yaklaşımını DAVID'de hissedemiyorum. Webgestalt bile göreceli az gelişmiş arayüzüne rağmen daha sıcak geliyor. Zaten bu 3 ayrı web aracını geliştiren ekiplere bir göz atınca bu farklılığın nereden geldiğini anlıyorsunuz.